[Hauptplot] Kistalle und Arceus

Team Chaos hat viel experimentiert und so die Schattenwesen erschaffen. Obwohl diese stärker als die normalen Pokémon sind, waren diese nur ein Experiment und nutzlos für Team Chaos. Ihr Ziel waren die legendären Pokémon zu Schattenwesen zu machen. Aber dafür brauchten sie Arceus.

Team Chaos macht sich ziemlich am Anfang der Story auf die Suche nach den drei Kristallen. Den Zerrkristall in Kidan City in einem Schrein mit zugang zur Zerrwelt , den Zeitkristall in Versasca City im Baum der zeitlosen Sommerbriese und den Raumkristall im Tempel in der Sevilia Wüste  Mit diesen Kristallen können sie Arceus rufen und auch kontrollieren.


Um den Zerrkristall zu bekommen täuschen sie einen Anschlag auf den dortigen Arenaleiter um unbemerkt in die Arena zu kommen. Als sie den Kristall haben flüchten sie. Leider werden die Chaosrüpel von dem Spieler aufgehalten und müssen kämpfen. Als der Spieler gewinnt merkt er das ein Rüpel fehlt. Dieser ist mit dem Kristall geflohen.

Den Raumkristall im Tempel der Sevilia Wüste wird von dem Spieler gefunden. Lange hat er aber den Kristall nicht denn vor der Ruine warten ein paar Chaosrüpel und ein Vorstand von Team Chaos und nehmen ihm den Raumkristall ab. Der Vorstand nimmt den Kristall und verschwindet. Der Spieler muss gegen die Rüpel kämpfen.

Den Zeitkristall in Versasca City im Baum der zeitlosen Sommerbriese bekommen sie nur mit einer List. Die Rüpel setzten dabei die Schattenpokémon ein um den Baum für kurze Zeit aus dem Gleichgewicht zu bekommen. Dabei wird um den Baum Winter und sie können den Kristall holen. Der Spieler kommt aber zu spät und sieht nur noch wie Team Chaos mit dem Kristall verschwinden. Der Spieler muss dem Baum dann helfen wieder ins Gleichgewicht zu kommen und dass der kurzzeitige Winter verschwindet. Als alles geschafft ist taucht ein Vorstand von Team Chaos auf und sagt ihm das der Boss von Team Chaos auf ihm auf dem Schattenberg wartet.


Bis dato weiß noch keiner wer der Boss von Team Chaos ist. Als der Spieler dann am besagten Treffpunkt ankommt hört er ein Lachen. Von allen Seiten kommen Plasmarüpel und die Vorstände von Team Chaos. Von oben kommt dann Jay "Was schaust du den so. Dachtest du etwa der Boss von Team Chaos wäre ein Mann?!" sie umrundet lächelnd den Spieler und erklärt ihm das er Team Chaos schon lange auf die nerven geht und das sie nicht wie die kriminellen Teams der anderen Regionen seine Rivalen unterschätzt. "Nun wirst du zusehen müssen wie ich den Schlüssel zu meinen Träumen fange" Jay schnippst und der Spieler wird von den Rüpeln festgehalten. Der Spieler muss nun hilflos mit ansehen wie Jay durch die drei Kristalle Arceus ruft und mit Leichtigkeit fängt. Sie meint dann grinsend dass sie sich auf das nächste zusammentreffen freut. Dann wird der Spieler bewusstlos geschlagen. Der Spieler erwacht dann im Bett seines Zuhauses wieder.